История человека в регионе восходит к палеолиту, о чем свидетельствуют наскальные рисунки в пещерах Башкирска, изображающие волосатого носорога, мамонтов, лошадей. Некоторые исследователи даже считают, что одомашнивание лошади происходило на землях, населенных предками башкир (VII – VI тысячелетия до нашей эры). В неолите была динамичная сельскохозяйственная экономика и животноводство.
Арабский путешественник и географ Аль-Идриси в XII веке упоминал в «Книге Роджера» баширские города Немжан, Гурхан, Каракия, а в русских летописях первое упоминание о Башкирах датируется 1469 годом. Столетием ранее башкиры прославились героической четырнадцатилетней войной против монголов, завоевав уважение к захватчикам, зафиксированное в монгольских исторических источниках. Результатом стало поглощение Башкирии в Золотую Орду, где башкиры получили свою первую территориальную автономию и привилегированное положение в правовой иерархии Монгольской империи. Башкирия присоединилась к Европе в начале 17 века после завоевания Россией Сибирского ханства. С этого момента сформировался башкарско-российский политический модус вивенди. Башкиры получили право иметь свою территорию, иметь собственную армию, администрацию и религию. Боярому было запрещено захватывать башкирские земли, и башкиры получили привилегию добывать соль. Но отношения с русскими без обязательств были непростыми.
